BIOINFORMATIHA 2

Seconda Edizione della Giornata Toscana di Bioinformatica e Systems Biology
Venerdì 18 Ottobre 2013

Ex Presidenza della Facoltà di Medicina e Chirurgia Università degli Studi di Firenze, Largo Brambilla 3, Firenze.

La Giornata Toscana di Bioinformatica e Systems Biology (Bioinformatiha) è il meeting regionale Toscano della Società Italiana di Bioinformatica (BITS, Bioinformatics Italian Society), a sua volta ramo italiano della Società Internazionale di Biologia Computazionale (International Society for Computational Biology, ISCB).

Il giorno precedente è prevista una giornata di tutorials sponsorizzata dal progetto bandiera InterOmics. InterOmics è un progetto Bandiera finanziato dal MIUR per lo sviluppo di una piattaforma integrata per l’applicazione delle scienze “omiche” alla definizione dei biomarcatori e profili diagnostici, predittivi, e teranostici. L'Interomics Tutorial Day si inquadra nell'ambito delle attivita' di Formazione del Progetto.

09:50-10.00	Opening and welcome remarks
10:00-10:45	Bayesian Methods, Estimation by Sampling and Networks Ercan E Kuruoglu (CNR)
10:45-11:30	Stochastic Process Models for Biochemical Reactions Davide Chiarugi (CNR)
11:30-12.00	Coffee Break
12:00-13.30	Basic Algorithms in Bioinformatics Marco Pellegrini (CNR) e Loredana Genovese (CNR)
13.30-14.30	Lunch
14:30-16:00	Algorithms for Next Generation Sequencing data analysis Romina D'Aurizio (CNR), Alberto Magi (UNIFI), Lorenzo Tattini (UNIFI)
16:00-16.30	Coffee Break
16.30-18:00	Visualization of Molecular Properties and Movements with BioBlender Claudia Caudai (CNR) e Tiziana Loni (CNR)
18.10-18.30	Closing remarks

9:00-9:30	Registration and poster hang up
9:30-10:00	Opening remarks
10:00-10:30	StreamingTrim 1.0: a Java software for dynamic trimming of 16SrRNA sequence data from metagenetic studies Giovanni Bacci^1,2, Marco Bazzicalupo¹, Anna Benedetti², Alessio Mengoni¹ 1 Department of Biology, University of Florence, Italy (Combo - Florence Computational Biology Group). 2 Agricultural Research Council /Research Centre for the Soil-Plant System (CRA-RPS), Roma, Italy
10:30-11:00	On efficient algorithms for the single individual haplotyping problem Loredana M. Genovese, Filippo Geraci, Marco Pellegrini Istituto di Informatica e Telematica, CNR, Pisa
11:00-11:30	Mobilomics in yeast Giulia Menconi Dipartimento di Informatica, Università di Pisa
11:30-11:45	Coffee Break
11:45-12:15	EXCAVATOR: detecting copy number variants from whole-exome sequencing data Alberto Magi¹, Lorenzo Tattini¹, Romina D’Aurizio², Gian Franco Gensini¹ 1 Dipartimento di Medicina Sperimentale e Clinica, Università di Firenze. 2 Instituto di Informatica e Telematica, CNR, Pisa.
12:15-12:45	Stochastic models in biology Duccio Fanelli e Francesca Di Patti Dipartimento di Fisica e Astronomia, Università di Firenze
12:45-13:15	Identification of a branching process model for adaptive immune response Alessandro Boianelli, Elena Pettini, Gennaro Prota, Donata Medaglini, Antonio Vicino Dip. di Ingegneria dell'Informazione e Scienze Matematiche, Università di Siena Dipartimento di Biotecnologie Mediche, Università di Siena
13:15-14:30	Lunch
14:30-15:00	Two topics of ongoing research in Pisa: identification of pathway components and model-based cancer therapies Paolo Milazzo Dipartimento di Informatica, Università di Pisa
15:00-15:30	Role of microRNAs-Transcription Factors Gene Regulatory Networks dynamics in the onset and progression of human genetic tumors: the neuroendocrine MEN1 syndrome as a model Ettore Luzi Laboratory of Neuroendocrine Complex Diseases Center on Endocrine Hereditary Tumors, AOUC, Department of Surgery and Translational Medicine , University of Firenze
15:30-16:00	Different protein folds require different amino acid composition of their cores Davide Alocci, Andrea Bernini, Pasquale Lista, Andrea Santarelli, Ottavia Spiga, Edoardo Morandi, Neri Niccolai Department of Biotechnology, Chemistry and Pharmacy, University of Siena
16:00-16:30	A gateway for the determination of the 3D structure of biological macromolecules Lucio Ferella, Andrea Giachetti, Antonio Rosato Magnetic Resonance Center (CERM), University of Florence
16:30-17:00	Coffee Break
17:00-18:00	Round Table Tema: La bioinformatica in Toscana: Presente e Futuro
18:00-18:30	Closing Remarks