BIOINFORMATIHA 10

Decima Edizione della Giornata Toscana di Bioinformatica e Systems Biology,
7-8 settembre 2023

Auditorium di TLS - Fondazione Toscana Life Sciences. Ingresso: strada del Petriccio e Belriguardo, 35, Siena

L'Università degli Studi di Firenze, la Fondazione Toscana Life-Sciences, il Distretto Toscano Scienze della Vita, in collaborazione con le Università di Siena e Pisa e con il CNR di Pisa, organizzano la decima edizione del Meeting Toscano di Bioinformatica e Systems Biology che si terrà a Siena i giorni Giovedi 7 e Venerdi' 8 Settembre presso l'Auditorium di TLS - Fondazione Toscana Life Sciences, ingresso: strada del Petriccio e Belriguardo, 35, Siena
La Giornata Toscana di Bioinformatica e Systems Biology (Bioinformatiha) è il meeting regionale Toscano della Società Italiana di Bioinformatica (BITS, Bioinformatics Italian Society), a sua volta ramo italiano della Società Internazionale di Biologia Computazionale (International Society for Computational Biology, ISCB).

Come nelle precedenti edizioni, gli obiettivi di questa giornata sono:

promuovere la collaborazione tra i laboratori Toscani che si occupano di sviluppare e/o applicare metodi computazionali per l'analisi di dati di rilevanza biomedica;
costruire una rete di competenze che sia in grado di interfacciarsi con gli enti locali, le associazioni, le aziende, i distretti tecnologici regionali e le fondazioni con il fine di promuovere concretamente la crescita della Bioinformatica/Systems Biology in Toscana.

Per raggiungere questi obiettivi, la giornata si articolerà in due momenti:

il primo è dedicato alle presentazioni dei gruppi di ricerca. In queste, i relatori sono invitati a privilegiare gli aspetti di organizzazione e struttura della propria attività che non a presentare meramente i risultati scientifici, essendo l'obiettivo primario quello di potenziare il networking tra i gruppi.
Il secondo momento, comprende delle tavole rotonde con esponenti dell'industria e degli Enti locali, che vogliono rappresentare momenti di incontro, dibattito e dialogo, sulle problematiche di ricerca e di formazione in bioinformatica, rivolte sia ai potenziali utenti (le industrie) che ai partner strategici per la formazione e la ricerca (Regione, Distretti, ecc.).

Vi invitiamo a mandare un breve abstract della comunicazione che si intende presentare indicando: Titolo, Autori e Affiliazione a: bitstoscana@gmail.com ***entro il 28 Agosto p.v. ***
Nel limite del possibile si cercherà di far parlare tutti i gruppi che lo desiderano: le comunicazioni orali saranno selezionate in modo da permettere un'adeguata rappresentatività.

La partecipazione all'evento è gratuita previa registrazione via email a bitstoscana@gmail.com (indicando nome, cognome, affiliazione).

Il Comitato Organizzazione di Bioinformatiha:
Alberto Magi, Moreno Falaschi, Roberto Marangoni, Marco Pellegrini, Marco Fondi, Nadia Pisanti, Ottavia Spiga, Monica Bianchini, Franco Scarselli, Filippo Geraci, Giovanni Bacci, Roberto Semeraro, Alessandra Mingrino.

9:45-10.00	Opening and welcome remarks
10:00-11:00	A chat on the use and abuse of chatGTP in bioinformatics. Dr Marco Pellegrini, IIT-CNR We will discuss the use (abuse), advantages, and limitations of chatGTP for several tasks in bioinformatics research. We will discuss issues related to writing, debugging and summarizing software using chatGTP as an AI assistant.
11:00-11.30	Coffee break
11:30-11:45	Presentazione del Master in Bioinformatica e Data Science Prof Moreno Falaschi, Univ. di Siena
11:45-12:45	Biological sequence alignment and algorithms based on dynamic programming. Prof. Sara Brunetti, Univ. di Siena The problem of aligning two or more biological sequences is of main importance for several problems in comparative genomics. Sequence alignment permits to highlight regions of high similarity and regions where the sequences differ, as a consequence of structural and evolutionary relationships between organisms. In this tutorial we present computational approaches to pairwise sequence alignment with analysis of the complexity of these algorithms. The algorithms use the dynamic programming technique. This same idea permits to solve three main subproblems, we refer as global, semiglobal and local alignment problems respectively when both sequences are entirely compared, one is entirely aligned with a fragment of the other, or finally two fragments of high similarity, each from one the sequences, are paired.
12:45-14:30	Lunch
14:30-15:30	Machine Learning and Deep Learning for biomedical image analysis. Dr. Simone Bonechi, Univ. di Siena The tutorial will introduce the fundamental concepts behind Deep Learning and Machine Learning, with particular attention to their relevance for the analysis of biomedical images. In this context we will also discuss the main challenges that need to be addressed in the application of these techniques in the biomedical domain. In particular, we will explore various applications that demonstrate how to manage data scarcity and how to integrate explainability tools into the automated analysis pipeline.
15:30-16:00	Coffee break
16:00-17:00	Computational Methods for Sequencing Technologies in Cancer Genomics. Dr. Romina D'Aurizio, IIT-CNR This tutorial provides an overview of computational methods used in the analysis of sequencing data generated from cancer genomics studies. We will cover the peculiarity of different sequencing technologies, data processing, and analysis approaches, with a focus on applications in cancer research. Through hands-on examples and case studies, participants will have a deeper understanding of the role of computational methods in advancing our understanding of cancer genomics.
17:00-18:00	A computational trip to reveal the last frontiers in the target/drug discovery field Dr. Alfonso Trezza, Univ. di Siena In recent years enormous progress has been made in the field of computational biochemistry, from the analysis of primary structures to the reconstruction ex novo of three-dimensional structures of biological systems. These achievements have contributed to the development of new bioinformatics techniques aimed at different purposes. Here, we will embark in a computational trip to reveal the latest bioinformatics frontiers that can identify potential compounds active against a biological target by having a protein primary structure as a starting point.
18:00-18.15	Closing remarks

9:45-10:00	Opening of BH10 Local Organizing Committee
10:00-10:20	De novo sequencing antibodies by Mass-Spectrometry based proteomics Gianibbi Beatrice (UNISI)
10:20-10:40	PathLay: a novel graphical server for -omics integration and interpretation Lorenzo Casbarra (UNIFI)
10:40-11:00	A Graphical Framework for the analysis of Reaction System Processes Linda Brodo (UNISS)
11:00-11:30	Coffee break
11:30-11:50	Comprehensive Investigation of BRAF Isoform-Specific Expression: Analyzing the Expression Profiles of BRAF Reference and X1 Transcripts in Melanoma and Beyond using RNA-seq Analysis Maurizio S. Podda (UNISS)
11:50-12:10	Exploring Quantum kernel methods for breast cancer subtyping: a real-world experiment Valeria Repetto (VNR)
12:10-12:30	COTAN v2: A Comprehensive and Versatile Framework for Single-Cell Gene Co-Expression Studies and Cell Type Identification Silvia Giulia Galfre'
12:30-14:00	Lunch break
14:00-14:20	Towards an Accurate and Automated Prediction of the Quality of Radiotherapy Treatments through Dosiomic Features and Plan Complexity Metrics Tommaso Zoppi (UNIFI)
14:20-14:40	Phylogeny reconstruction via extended BWT Veronica Guerrini (UNIPI)
14:40-15:00	Accurate Prediction of Breast Cancer Survival through Coherent Voting Networks with Gene Expression Profiling Marco Pellegrini (CNR)
15:00-15:20	Enhancing Embedding Representations of Biomedical Data using Logic Knowledge in AI Caterina Graziani (UNISI)
15:20-15:50	Coffee break
15:50-16:10	Distress prediction based on Penne's bio-heat equation: a Physics Informed Neural Network approach Giuseppe Alessio D'Inverno (UNISI)
16:10-16:30	Bioinformatics validation of Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy as an informative tool in glioblastoma treatment: a blended transcriptomic and machine learning approach Aldo Pastore (SNS)
16:30-16:50	HAGRID: a Hybrid Autoencoder with Generative, Recurrent and Iterative Design Filippo Costanti (UNISI)
16:50-17:10	Decoding Protein Functions: Leveraging Graph Neural Networks and Integrated Data for Prediction Alessia Prete (UNISI, TLS)
17.10-17.50	Interventi su Biotecnopolo, Aziende TLS, problemi di formazione e ricerca: discussione e considerazioni finali Panellist confermati Claudia Sala (Mad Lab, TLS), Giuseppe Maccari (DASCH Lab, TLS), Andrea Paolini (Dg, TLS), Roberto Giorgi (Unisi)